El encuentro fue extremadamente afectuoso. El Virrey Pedro Mendinueta y Muzquiz, ilustrado y laborioso, les recibió en Julio de 1.801 prodigándoles toda clase de atenciones. El Arzobispo Fernando del Portillo y Torres les mandó su coche y entraron acompañados de más de sesenta jinetes; como se sabía que llegaban a visitar a Mutis, tenido en la ciudad con gran consideración en razón de su avanzada edad, de su crédito en la corte y de su carácter personal, se trató de dar un cierto brillo a la llegada y de honrar a Mutis en las personas de los sabios visitantes.
Humboldt describió el encuentro de la siguiente forma: Una casa propia con patio, jardín y cocina. En este domicilio nos aguardaba el anciano botanicus de la corona, una figura noble, llena de genio, en traje sacerdotal. Mutis estaba acompañado de sus amigos. Al descender yo con el barómetro en la mano y al no querer confiárselo a nadie, sonrió; nos abrazó muy cordialmente y en esta primera entrevista se comportó con tanta humildad que parecía turbado. De inmediato hablamos sobre asuntos científicos... pero él dirigió la conversación hábilmente sobre tópicos generales a fin de que fuera más comprensible a los circundantes. En los cuartos que nos habían sido preparados se sirvió una comida excelente.
En el teatro científico pudieron discutir los viajeros sus ricas experiencias con Mutis. Ellos le mostraron su herbario de la región del Orinoco, especialmente las hierbas enormes (bambús) del Casiquiare, que Mutis naturalmente desconocía y a la vez se enteraron por intermedio de él de todo lo concerniente a la flora colombiana. Él tiene de 2.000 a 3.000 dibujos en folio mayor que parecen miniaturas. De esta colección regaló a Humboldt aproximadamente cien cuadros en colores muy hermosos que llevó al Instituto Nacional de Ciencias de París. Estas láminas, admiradas por cuantos las ven, no solo son prodigiosos modelos de dibujos sino que están bella y primorosamente iluminadas con una paciencia y precaución admirables.
Humboldt anotó que los dibujos se hacían en papel de Grand Aigié y se escogían al efecto las ramas más cargadas de flores. El análisis y anatomía de las partes de la fructificación se ponía al pie de la lámina. Parte de los colores procedían de materias colorantes indígenas desconocidas en Europa. Jamás se ha hecho colección alguna de dibujos más lujosa y aún pudiera decirse que en más grande escala.
En 1.802 también se sumó al Instituto el joven sabio en matemáticas y astronomía, Francisco José de Caldas, discípulo de Mutis en Ciencias Naturales. Mutis había prometido que para finales del siglo estarían terminados los primeros volúmenes de su gran obra y el gobierno de Madrid le invitó a pasar a España a que hiciera él mismo la publicación, presidiendo la impresión y dirigiendo el grabado de las láminas que habían de adornarla, pero no se resolvió a regresar y prefirió que la impresión de las láminas iluminadas se hiciera bajo la dirección de la Academia de San Fernando, lo que tampoco llegó a realizarse.
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